Информация, доклады, сообщения

О повышении квалификации: тренинг по геномным методам анализа

17.02.2012
Методам анализа данных, полученных при полногеномном секвенировании, был посвящен научно-практический тренинг, состоявшийся в Чехии (г. Чешский Крумлов). В соответствии с плановым заданием по повышению квалификации в тренинге приняла участие заведующая Лабораторией молекулярной биологии Отдела биотехнологии «Всероссийского государственного Центра качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов» (ФГБУ «ВГНКИ») к. х. н. Давыдова Е.Е. Данный тренинг по геномным методам анализа регулярно проводится медицинским факультетом Вашингтонского университета (Сант Луис, США)  для специалистов в области молекулярной эволюции и геномике.
Технология секвенирования следующего поколения (Next-Generation Sequencing) основана на использовании массированного параллельного секвенирования фрагментов ДНК, что позволяет получать большой объем информации о нуклеотидных последовательностях с высокой производительностью, сообщает Давыдова Е.Е. в своем отчете по результатам участия в тренинге. Данная технология с большим успехом применяется в исследованиях в области геномики, эпигеномики, транскриптомики и смежных областях биологии как прокариот, так и эукариот, включая бактерии, вирусы, растения и человека.
Курс состоял из лекций и практических занятий. Лекции читали специально приглашенные ученые, занимающие лидирующие позиции в данных областях исследований. Лекции были посвящены обзору подходов к геномным исследованиям; проблемам сборки геномов и картирования, de novo секвенированию и секвенированию с использованием данных референсного генома; детекции хромосомных перестроек, однонуклеотидных полиморфизмов и структурных вариантов; определению транскриптомного профиля - транскрипции генов (мРНК) и микро-РНК; подходам к секвенированию полиплоидных организмов, метагеномике - генетическим исследованиям сообществ микроорганизмов, а также возможности использования массового параллельного секвенирования в эволюционной геномике и патогеномике. Также были проведены практические занятия по полногеномной сборке геномов de novo с помощью графов de Bruijn, программ Velvet и ALLPATHS-LG; картированию ридов по референсному геному с помощью программы Bowtie; сборке транскриптом; популяционному и метагеномному анализу. Также были проведены занятия в браузере Galaxy – интернет-ресурсе для обработки данных полногеномного секвенирования. Использование данного интернет-ресурса с простым интерфейсом и возможностью визуализировать результаты делает анализ данных доступным биологам, не имеющим специальной подготовки в области биоинформатики.
Полученные знания и навыки будут использоваться при анализе данных, полученных при полногеномном секвенировании на приборе Illumina GAIIx.  Благодаря докладам, сделанным во время тренинга, получено представление об основных современных алгоритмах анализа данных и значительно расширены знания о возможностях применения полногеномного секвенирования для научных и прикладных целей.
Пресс-служба ФГБУ «ВГНКИ»